El Gobierno del Ecuador en la Presidencia del Dr. José María Plácido Caamaño, ante el éxito de la fundación salesiana del "Protectorado Católico" de Quito desde enero de 1888, emitió un decreto para fundar dos nuevas instituciones salesianas en Riobamba y Cuenca.

El 5 de noviembre de 1891 salió de Quito el nuevo personal encabezado por el Padre Antonio Fussarini; acompañado por el Padre Agustín Bruzzone; dos seminaristas Juan Milano y Carlo Chiglione; dos salesianos coadjutores Juan Gertosio y Germán Conter, se les unieron los seglares José Coppo, mecánico italiano y Alejandro Hidalgo, especialista en zapatería. Llegan a Riobamba el 7 de noviembre, su residencia fue una vetusta casa situada en el popular barrio de La Merced. A la nueva obra se le puso el nombre de Santo Tomás Apóstol. En poco tiempo se instalaron talleres de carpintería, sastrería, zapatería y talabartería; posteriormente la escuela de agricultura.

El 18 de noviembre de 1897, la Dirección de Estudios de Chimborazo, por medio de una Nota Oficial, autorizaba a los salesianos abrir anexa a la Escuela Profesional, una Escuela de Enseñanza Primaria que se denomina Escuela "Santo Tomás Apóstol".

Fue el Padre Pedro Sagasti, quien alcanzó del Ministerio de Educación la Resolución Ministerial 354 del 20 de junio de 1945, en la que se autorizaba la creación de la sección secundaria, fue el beneplácito de los Superiores de la Inspectoría y sobre todo de la casa de Riobamba que aspiraba a completar la educación elemental con la media. El nombre y los méritos del Padre Sagasti quedarán siempre unidos a la historia del Colegio Salesiano "Santo Tomás Apóstol".

En el año lectivo 1978 - 1979, bajo la dirección del Padre Guillermo Mensi, el Colegio "Santo Tomás Apóstol" cambia de sede al barrio Los Pinos en una amplia zona ubicada al norte de la ciudad en la que se encontraba funcionando desde 1962 la Escuela "Flavio León Nájera". Para el año lectivo 1987 - 1988, año del centenario de la llegada de los salesianos al Ecuador y de la muerte de Don Bosco, la Escuela "Flavio León Nájera" y el Colegio "Santo Tomás Apóstol" se unifican en un mismo edificio bajo el nombre de "Santo Tomás Apóstol".

Con la finalidad de responder a la Reforma Curricular de la Educación Básica impulsada por el Ministerio de Educación y Cultura a partir de 1994, en el año de 1997, la Comunidad Salesiana da inicio al Jardín de Infantes conocido actualmente como Primer año de Educación Básica. Este nivel comenzó con la modalidad de coeducación como el nuevo reto al cumplir 100 años al servicio activo de la educación de Riobamba. Al contar con los tres niveles educativos: pre Primario, Primario y Secundario, por Resolución Ministerial Nº 2502 del 31 de mayo de 2002 se constituye legalmente como Unidad Educativa Salesiana "Santo Tomás Apóstol" de Riobamba.